Use this url to cite publication: https://hdl.handle.net/20.500.12512/112291
Options
Transkriptomo analizė atskleidė su kolorektaliniu vėžiu siejamos miR1246 ir jos izoformų genus taikinius / Rokas Lukoševičius, Gediminas Alzbutas, Greta Varkalaitė, Violeta Šaltenienė, Kotryna Balčiūtė, Simonas Juzėnas, Juozas Kupčinskas, Jurgita Skiecevičienė
Type of publication
Konferencijų tezės nerecenzuojamame leidinyje / Conference theses in non-peer-reviewed publication (T2)
Author(s)
Christian-Albrechts-University of Kiel, Institute for Clinical Molecular Biology, Kiel Germany | ||
Title
Transkriptomo analizė atskleidė su kolorektaliniu vėžiu siejamos miR1246 ir jos izoformų genus taikinius / Rokas Lukoševičius, Gediminas Alzbutas, Greta Varkalaitė, Violeta Šaltenienė, Kotryna Balčiūtė, Simonas Juzėnas, Juozas Kupčinskas, Jurgita Skiecevičienė
Publisher (trusted)
Lietuvos mokslų akademija |
Date Issued
Date Issued |
---|
2021-11-25 |
Extent
p. 25-25.
Is part of
14-oji Lietuvos jaunųjų mokslininkų konferencija BIOATEITIS: gamtos ir gyvybės mokslų perspektyvos : pranešimų santraukos : 2021 m. lapkričio 25 d., Kaunas / Lietuvos mokslų akademijos Biologijos, medicinos ir geomokslų skyrius. Lietuvos sveikatos mokslų universitetas ; [Leidinį sudarė Jadvyga Olechnovičienė ir Vaidutis Kučinskas]. Vilnius : Lietuvos mokslų akademija, 2021. ISBN 9789986080855.
Version
Originalus / Original
Description
Medicinos ir sveikatos mokslų sekcija. Medicina
ISBN 978-9986-08-085-5 Skaitmeninis (PDF) ISBN 978-9986-08-086-2
Field of Science
Abstract
Storosios žarnos vėžys (SŽV) yra vienas dažniausių vėžinių susirgimų pasaulyje. Pagal mirtingumą nuo vėžio kolorektaliniai navikai užima net antrą vietą sąraše. Nepaisant to, kad storosios žarnos navikų diagnostika patobulėjo, su šiuo susirgimu susijęs pacientų mirtingumas vis dar išlieka didelis. Išsami miRNR analizė atskleidė dereguliuotu miRNR ir izo miRNR profilį storosios žarnos vėžio audiniuose. Norint suprasti šių miRNR funkcinę svarbą, tyrimai analizuojantys jų genus taikinius išlieka svarbiausiu uždaviniu. Siekiant išsiaiškinti dereguliuotu miRNR ir izo-miRNR genus taikinius, šioje studijoje buvo atlikta komercinių storosios žarnos vėžio ląstelių Caco-2 RNR sekoskaita po transfekcijos WT-miR-1246, ISO-miR-1246_a, ISO-miR-1246_G imituojančiomis ir inhibuojančiomi molekulėmis bei diferencinė genų, naudojantis DESeq2 1.32.0 programa. Genu praturtinimo analizei naudota fgsea 3.6 programa, o rezultatu vizualizavimui clusterProfiler 4.1.0 programa. Trankskriptomo sekoskaitos analizės rezultatai parodė, kad po poveikio WT-miR-1246, ISO-miR- 1246_a, ISO-miR-1246_G imituojančiomis molekulėmis 1580 genu raiška buvo nuslopinta, tuo tarpu inhibuojančiomis miRNR 822 genų raišką padidėjo palyginus su neigiama miRNR kontrole. Remiantis MIRABEL ir miRDB.og duomenų bazėmis, dereguliuotu miRNR grupėje po poveikio WT-miR-1246 imitatoriumi nustatyti 67 genai taikiniai, o ISO-miR-1246_a, ISO-miR-1246_G – 46. Deja inhibitoriaus grupėje buvo aptikti tik keli tiriamųjų miRNR ir izo-miRNR genai taikiniai. Tarp miRNR ir izo-miRNR imitatoriais bei inhibitoriais paveiktu ląstelių buvo nustatyta 14 persidengiančių genų iš kurių tik trys buvo miR1246 ir jos izoformų taikiniai. Siekiant išsiaiškinti su vėžiu siejamus signalinius kelius, galimai reguliuojamus WT-miR-1246, ISO-miR-1246_a, ISO-miR-1246_G, buvo atlikta genu rinkinio praturtinimo analizė. Dėl didesnio dereguliuotų genų skaičiaus
analizei naudoti tik imitatoriais paveiktų ląstelių sekoskaitos duomenys. Analizės rezultatai padėjo surasti 15 labiausiai dereguliuotų su vėžiu siejamų signalinių kelių. Dauguma signalinių kelių buvo siejami su ląstelės ciklo pokyčiais, ląstelės adhezija, apoptozės reguliavimu, wnt signaliniu keliu bei buvo panašiai dereguliuoti skirtingose miRNR imitatoriaus grupėse. Reikšmingas skirtumas tarp tiriamųjų grupių rastas tik palyginus ISO-miR-1246_a ir WT-miR-1246 imitatoriaus grupes. Jose skyrėsi ląstelės adhezijos signalinio kelio praturtinimas, kuris buvo praturtintas tik po ląstelių poveikio ISO-miR-1246_a imitatoriumi. miRNR-1246 ir jos izoformos imitatoriai veikė efektyviau nei inhibitoriai ir reikšmingai pakeitė genų raišką Caco-2 ląstelėse bei padėjo aptikti potencialius WT-miR-1246, ISO-miR-1246_a, ISOmiR- 1246_G genus taikinius. Genu rinkinio praturtinimo analizė parodė tiriamosios miRNR ir jos izoformų svarbą SŽV atveju padėdama surasti pakitusios raiškos signalinius kelius siejamus su vėžio patogeneze.
Type of document
type::text::conference output::conference proceedings::conference paper
ISBN (of the container)
9789986080855
9789986080862
Other Identifier(s)
(LSMU ALMA)990001048680107106
Coverage Spatial
Lietuva / Lithuania (LT)
Language
Lietuvių / Lithuanian (lt)