Virškinimo sistemos tyrimų institutas

  • Apie institutą

    LSMU Virškinimo sistemos tyrimų institutas
    Adresas: Eivenių 4, 50161 Kaunas
    Tel. (8 37) 326898, (8 37) 302949
    Kontaktai

    Instituto vadovas

    Lietuvos mokslų akademijos tikrasis narys

    prof. habil. dr. Limas Kupčinskas

    Tel. +370 37 32 65 08, +37068640575

    El. paštas:  l.kupcinskas@gmail.com; limas.kupcinskas@lsmuni.lt

    2011 metais LSMU Senato sprendimu įsteigtas  LSMU MA MF Virškinimo sistemos tyrimo institutas (vadovas – Lietuvos mokslų akademijos tikrasis narys, prof. habil. dr. Limas Kupčinskas). Institute  veikia  dvi laboratorijos: Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorija (vadovė – dr. Jurgita Skiecevičienė) bei Chirurginės gastroenterologijos laboratorija (vadovas – prof. dr. Antanas Gulbinas).

     

     

  • Veiklos tikslai

    Pagrindiniai Virškinimo sistemos tyrimo instituto veiklos tikslai:

    • vykdyti šiuolaikinius fundamentalius ir klinikinius virškinimo sistemos ir kepenų ligų  mokslinius tyrimus; gausinti ir skleisti mokslo žinias ir patirtį žmogaus virškinimo sistemos funkcionavimo, ligų  gydymo, profilaktikos ir kontrolės bei gyvenimo kokybės (gerovės) užtikrinimo srityse;
    • rengti mokslininkus bei dalyvauti LSMU, Lietuvos ir tarptautinėse mokslo programose;
    • efektyviai panaudoti mokslinių tyrimų duomenis sveikatos sistemoje ir studijų procese;
  • Instituto istorija

    2000 m. prie Kauno medicinos universiteto (KMU) Gastroenterologijos klinikos buvo įkurta KMU Gastroenterologijos klinikos Mokslininkų grupė, kuri 2008 m. KMU Senato sprendimu buvo reorganizuota į Gastroenterologijos ir hepatologijos mokslinę laboratoriją (vadovas prof. L. Kupčinskas). 2004 m. KMU Biomedicinos mokslų tyrimo institute buvo įkurta Chirurginės gastroenterologijos laboratorija (vadovas dr. A.Gulbinas). Abi šios laboratorijos sėkmingai vykdė fundamentalius ir klinikinius virškinimo sistemos ligų mokslinius tyrimus, todėl  2011 m. LSMU Senato sprendimu,  jas apjungus, buvo įkurtas LSMU MA MF Virškinimo sistemos tyrimų institutas, kurio sudėtyje šiuo metu veikia  dvi laboratorijos  - Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos  bei  Chirurginės gastroenterologijos.  

  • Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorija

    jurgitaskieceviciene.png (170x190)

    Laboratorijos vadovė

    dr. Jurgita Skiecevičienė

    Tel. (8 37) 327236

    El. paštas: jurgita.skieceviciene@lsmuni.lt

     

     

     

    Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorijos pagrindinės mokslinių tyrimų kryptys:

    • uždegiminių žarnyno ligų  (opinio kolito ir Krono ligos)  epidemiologiniai, genetiniai, genominiai,  klinikiniai tyrimai;
    • susijusių su H. pylori infekcija ligų - gastrito, opaligės, skrandžio vėžio epidemiologiniai, mikrobiologiniai,  genetiniai,  klinikiniai tyrimai;
    • retų virškinamojo trakto ir kepenų ligų (Vilsono ligos, hemochromatozės, Budd-Chiari sindromo ir kitų retų ligų)  klinikiniai ir genetiniai tyrimai;
    • ikinavikinų  ir navikinių virškinamojo trakto ligų  patogenezės tyrimai;
    • žmogaus žarnyno mikrobiomo tyrimai, dvynių mikrobiomo tyrimai.

    Laboratorijoje dirba genetikai, molekuliniai biologai, bioinformatikai ir gastroenterologai, kurių aukštą kvalifikaciją atspindi daugiau kaip 140 mokslinių straipsnių (iš jų daugiau kaip 60 CA WoS duomenų bazės žurnaluose su svorio koeficientu) , tarp jų - Lancet (2016, IF-47,8), Nature (2012, IF-40,1), Nature Genetics (2016-2014, 2011-2009, IF-31,6), Gastroenterology (2013, 2011, 2005, IF-18,3), Gut (2018, 2013, 2006, IF-16,6), Nature Structural and Molecular Biology (2016, IF-13,3), Nucleic Acid Reserach (2017, IF-10,12), Inflammatory bowel diseases (2013, IF- 4,5), ir kt. žurnaluose.  Šie straipsniai daugiau buvo kaip 1600 kartų cituoti CA WoS duomenų bazės žurnaluose (laboratorijos mokslininkų  bendras mokslinių straipsnių citavimo h-indeksas - 17). 

    Laboratorija aprūpinta  naujausia įranga reikalinga atlikti molekuliniams ir genetiniams tyrimams. Laboratorija glaudžiai bendradarbiauja su LSMU Gastroenterologijos klinika ir yra jos funkcinis mokslo padalinys.

  • Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorijos moksliniai projektai

    Projektai:

    1. „Su virškinimo sistemos navikais siejamų mikro RNR poveikio įvertinimas ląstelių apoptozei ir proliferacijai“ (Nr. 09.3.3-LMT-K-712-09-0007), vadovė dr. Jurgita Skiecevičienė, finansavimo šaltinis: Europos socialinis fondas, trukmė 2018 m. liepos-rugpjūčio mėn. 
    2. „Su virškinimo sistemos navikų patogeneze siejamų mikro RNR ir jų potencialių genų taikinių sąsajos patvirtinimas“ (Nr. 09.3.3-LMT-K-712-09-0008), vadovė d. Violeta Šaltenienė, finansavimo šaltinis: Europos socialinis fondas, trukmė 2018 m. liepos-rugpjūčio mėn. 
    3. "Daugiapakopis molekulinis skrandžio vėžio tyrimas: kraujyje cirkuliuojančių genetinių, epigenetinių ir mikrobiomo biožymenų profiliavimas (MULTIOMICS)" (Visuotinės dotacijos projektas  nr. 09.3.3-LMT-K-712-01-0130), vadovė: dr. J. Skiecevičienė, finansavimo šaltinis: ES struktūrinis fondas, trukmė: 2018-2021.
    4. "Izo-miRNR vaidmuo kolorektalinio vėžio patogenezėje: miRNR transkriptomo bioinformatinė analizė ir funkcijų validavimas" (projekto nr. S-MIP-17-22), vadovas: prof. G. Kiudelis, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslų taryba, trukmė: 2017-2020.
    5. "Skrandžio mikrobiota: dvynių studija" (projekto nr. APP-2/2016), vadovas: dr. J. Skiecevičienė, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslų taryba, trukmė: 2016-2019.
    6. "Žarnyno senėjimas: genetiniai ir enterinės nervų sistemos pakitimai, sergant divertikulioze" (projekto nr. SEN-06/2015), vadovas: prof. A. Tamelis, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslų taryba, trukmė: 2015-2018.
    7. "Mikro RNR profiliavimas audiniuose ir pirminėse žarnyno epitelio ląstelės pacientams, su aktyviu ir neaktyviu opiniu kolitu", vadovas: J. Skiecevičienė, finansavimo šaltinis: Europos Krono ir kolito organizacija (ECCO) (ECCO), trukmė: 2016-2017.
    8. "Lakieji biožymenys skrandžio ir kolorektalinių neoplazmų ankstyvam nustatymui ir charakterizavimui (VOLGACORE)" (projekto nr. EURONANOMED2-01/2014), vadovas: prof. L. Kupčinskas, finansavimo šaltinis: EURONANOMED2, trukmė: 2014-2017.
    9. "miR-20b, miR-451, miR-29c ir miR-125b vaidmuo skrandžio ir storosios žarnos vėžio patogenezėje" (projekto nr. MIP-007/2014), vadovas: prof. G. Kiudelis, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslų taryba, trukmė: 2014-2016.
    10. "Virškinamojo trakto stromos navikų mikro-RNR raiškos pokyčiai ir funkcinė analizė" (projekto nr. MIP-006/2014), vadovas: J. Skiecevičienė ir L. Kučinskas, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslų taryba, trukmė: 2014 – 2016.
    11. "Autoantikūnų testo, skirto ankstyvo skrandžio vėžio diagnostikai, sukūrimas ir validavimas" (Baltijos šalių-Taivano projektas, projekto nr. TAP LLT 04/2014), vadovas: prof. L.V. Jonaitis, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslų taryba, trukmė: 2014-2016.
    12. "Mikro-RNR kaip biožymenys ankstyvajai ikivėžinių ir vėžinių virškinamojo trakto ligų diagnostikai" (Visuotinės dotacijos projektas  nr. VP1-3.1-ŠMM-07-156), vadovas: prof. L. Kupčinskas, finansavimo šaltinis: ES struktūrinis fondas, trukmė: 2011-2015.
    13. "Žarnyno mikrobiotos reikšmė vaikų uždegiminių žarnų ligų patogenezei" (projekto nr. MIP-11217), vadovas: prof. G. Kiudelis, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslų taryba, trukmė: 2011-2013.
    14. "H.pylori virulentiškumo ir organizmo atsako reikšmė atrofiniam skrandžio uždegimo išsivystymui " (Baltijos šalių-Taivano projektas) vadovas: prof. L. Kupčinskas, finansavimo šaltinis: LR švietimo ir mokslo ministerija, trukmė: 2007-2010.
    15. "Hemochromatozės geno HFE mutacijų c.845G>A (p.C282Y), c.187C>G (p.H63D) ir c.193A>T (p.S65C) paplitimas Lietuvos populiacijoje" (projekto nr. T-25/09), vadovas: prof. J. Kondrackienė, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslo ir studijų fondas, trukmė 2009.
    16. "Molekulinis mikroorganizmų atpažinimo mechanizmas žarnyno epitelinėse ląstelėse ir jo sąsaja su uždegiminių žarnų ligų etiopatogeneze" (projekto nr. T-39/08), vadovas: prof. G. Kiudelis, finansavimo šaltinis: Lietuvos mokslo ir studijų fondas, trukmė: 2008.
    17. "Serologinis atrofinio gastrito aptikimas ir jo evoliucija po H.pylori išnaikinimo vietovėse, kuriose yra didelė H.pylori infekcijos paplitimas" (Baltijos šalių-Taivano projektas), vadovas: prof. L. Kupčinskas, finansavimo šaltinis: LR švietimo ir mokslo ministerija, trukmė: 2005-2007.

     

    Tarptautiniai konsorciumai

    - International IBD Genetics Consortium, 2011-iki dabar.

    - European ECCO-EpiCom IBD epidemiology East-West gradient project, 2010-2015.

    - PANcreatic Disease ReseArch (PANDoRA) consortium, 2012-2016- up to now.

    - Gastric Cancer Research (staR) consortium, 2016- iki dabar.

    - H. pylori world genome project, 2016- iki dabar.

  • Klinikinės ir molekulinės gastroenterologijos laboratorijos mokslinės publikacijos

    Pagrindiniai straipsniai

    1. Cleynen I,..., Kupcinskas L, ..., International IBD Genetics Consortium (IIBDGC), et al. Inherited determinants of Crohn's disease and ulcerative colitis phenotypes: a genetic association study. Lancet. 2016 Jan 9;387(10014):156-67. (IF- 47.8)
    2. Jostins L, ..., Kupcinskas L, ..., Sventoraityte J, ..., International IBD Genetics Consortium (IIBDGC), et al. Host-microbe interactions have shaped the genetic architecture of inflammatory bowel disease. Nature. 2012 Nov 1;491(7422):119-24. (IF- 40.1)
    3. Childs EJ, ..., Kupcinskas J, et al. Common variation at 2p13.3, 3q29, 7p13 and 17q25.1 associated with susceptibility to pancreatic cancer. Nat Genet. 2015 Aug;47(8):911-6. (IF- 31.6)
    4. Wolpin BM, ..., Kupcinskas J, et al. Genome-wide association study identifies multiple susceptibility loci for pancreatic cancer. Nat Genet. 2014 Sep;46(9):994-1000. (IF- 31.6)
    5. Anderson CA, ..., Kupcinskas L, Sventoraityte J, et al. Meta-analysis identifies 29 additional ulcerative colitis risk loci, increasing the number of confirmed associations to 47. Nat Genet. 2011 Mar;43(3):246-52. (IF- 31.6)
    6. Franke A, ..., Sventoraityte J, Kupcinskas L, et al. Genome-wide association study for ulcerative colitis identifies risk loci at 7q22 and 22q13 (IL17REL). Nat Genet. 2010 Apr;42(4):292-4. (IF- 31.6)
    7. Ellinghaus D, ..., Skieceviciene J, ..., Kupcinskas L, et al. Association Between Variants of PRDM1 and NDP52 and Crohns Disease, Based on Exome Sequencing and Functional Studies. Gastroenterology. 2013 Aug;145(2):339-47. (IF- 18.3)
    8. Lepage P, ..., Zvirbliene A, ..., Kupcinskas L, et al. Twin Study Indicates Loss of Interaction Between Microbiota and Mucosa of Patients With Ulcerative Colitis. Gastroenterology. 2011 Jul;141(1):227-36. (IF- 18.3)
    9. Burisch J, Kiudelis G, Kupcinskas L, et al. Natural disease course of Crohn's disease during the first 5 years after diagnosis in a European population-based inception cohort: an Epi-IBD study. Gut. 2018 Jan 23. pii: gutjnl-2017-315568. (IF-16.6).
    10. Rehman A, ..., Skieceviciene J, ..., Kupcinskas L, et al. Geographical patterns of the standing and active human gut microbiome in health and IBD. Gut. 2016 Feb;65(2):238-48. (IF- 16.6)
    11. Burisch J, ..., Kupcinskas L, et al. East-West gradient in the incidence of inflammatory bowel disease in Europe: the ECCO-EpiCom inception cohort. Gut. 2014 Apr;63(4):588-97. (IF-16.6).
    12. Labrie V, ..., Žvirbliene A, ..., Kupčinskas L, et al. Lactase nonpersistence is directed by DNA-variation-dependent epigenetic aging. Nat Struct Mol Biol. 2016 Jun;23(6):566-73. (IF-13.3)
    13. Klein AP, ..., Kupcinskas J, et al. Genome-wide meta-analysis identifies five new susceptibility loci for pancreatic cancer. Nat Commun. 2018 Feb 8;9(1):556. (IF-12.1)
    14. Juzenas S, ..., Kupcinskas L, et al. A comprehensive, cell specific microRNA catalogue of human peripheral blood. Nucleic Acids Res. 2017 Sep 19;45(16):9290-9301. (IF-10.12)
    15. Gyvyte U, Juzenas S, Salteniene V, Kupcinskas J, ..., Steponaitiene R, ..., Kupcinskas L, Skieceviciene J. MiRNA profiling of gastrointestinal stromal tumors by next-generation sequencing. Oncotarget. 2017 Jun 6;8(23):37225-37238. (IF-5.2)

     

    Visi straipsniai

    L. Kupčinskas

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Kupcinskas+L+%5BAUTHOR%5D

    J. Kupčinskas

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=(Kupcinskas%20J%5BAuthor%5D)%20AND%20(%222010%22%5BDate%20-%20Publication%5D%20%3A%20%223000%22%5BDate%20-%20Publication%5D)

    J. Skiecevičienė

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Skieceviciene+J+OR+Sventoraityte+J+%5BAUTHOR%5D

    A. Žvirblienė

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=Zvirbliene%2C%20Aida%5BAuthor%5D

    R. Ramonaitė

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Ramonaite+R+%5BAUTHOR%5D

    V. Šaltenienė

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Salteniene+V+%5BAUTHOR%5D

    R. Steponaitienė

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Cedaviciute+R+OR+Steponaitiene+R+%5BAUTHOR%5D

    S. Juzėnas

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Juzenas+S+%5BAUTHOR%5D

    U. Gyvytė

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Gyvyte+U+%5BAUTHOR%5D

    G. Streleckienė

    https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=Streleckiene+G+OR+Varkalaite+G+%5BAUTHOR%5D

  • Chirurginės gastroenterologijos laboratorija

    Laboratorijos vedėjas prof. Antanas Gulbinas

    Laboratorijos vadovas

    Prof. Antanas Gulbinas

    Tel. (8 37) 326983

    El. paštas:  gulbanta@yahoo.com

     

     

     

    LSMU Virškinimo sistemos tyrimų instituto Chirurginės gastroenterologijos laboratorija glaudžiai bendradarbiauja su LSMU Chirurgijos klinika ir yra jos  funkcinis mokslo  padalinys. Laboratorijos misija: Virškinimo sistemos navikinių bei uždegiminių ligų molekulinių bei klinikinių tyrimų vykdymas ir plėtra. Laboratorijoje dirba patyrę mokslininkai, įvaldę reikiamą aparatūrą baltymų ekspresijos, epigenetinių mechanizmų tyrimams ir iRNR lygio genų ekspresijos tyrimams, ląstelių kultūrų eksperimentams.

    Chirurginės gastroenterologijos laboratorijos pagrindinės mokslinių tyrimų kryptys:

    • Virškinimo sistemos navikinių ligų  patogenezės ypatumų, komplikacijų ir gydymo taktikos įtaka ligos eigai ir išeitims.
    • Ūminio ir lėtinio pankreatitų  patogenezės ypatumų, komplikacijų ir gydymo taktikos įtaka ligos eigai ir  išeitims. (Eksperimentiniai ir klinikiniai tyrimai).
  • Chirurginės gastroenterologijos laboratorijos moksliniai projektai

    VMSF ir LMT finansuoti projektai

    1)      2005-2006 m. vykdytas VMSF finansuojamas Prioritetinių mokslo krypčių plėtros projektas “NAVIKAS”.

    2)      2007-2009 m. vykdytas VMSF Fondo inicijuojamų programų projektas “Biologinio atsako į radiodažninės abliacijos terminį poveikį tyrimas ir kompiuterinis modeliavimas” (Nr. P-02/2007).

    3)      2012-2014 m. vykdomas projektas LMT Lėtinių neinfekcinių ligų programos finansuojamas  ,, Kasos žvaigždinių ląstelių aktyvumo ir redokso būsenos tyrimai“ (LIG 12/2012).

    4)      Nuo 2013 m. vykdomas projektas finansuojamas Žmogiškųjų išteklių plėtros veiksmų programos ,,Kasos adenokarcinomos rezistentiškumo apoptezei ir chemoterapijai energetiniai, genetiniai ir epigenetiniai mechanizmai“ VP1-3.1-ŠMM-07-K-02-062.

     

    Kiti projektai

    5)      Genų reguliuojančių uždegiminį atsaką ir leukocitų adheziją ekspresijos tyrimas bei uždegimą moduliuojančių molekulių aktyvumo įvertinimas ūminio pankreatito metu.

    6)      Protekcinio geno HO-1 polimorfizmo įtakos ūminio pankreatito eigai ir išeitims tyrimas.

    7)      Oksidacinio streso molekulių ekspresijos pakitimų ūminio pankreatito metu bei kalcio signalų ir mitochondrijų funkcijos sutrikimų ūminio pankreatito metu tyrimai.

    8)      Epigenetinių pakitimų, sergant kasos, skrandžio ir periampuliniu vėžiu tyrimai (tumoro supresinių genų DNR hipermetilinimo tyrimas; genomo pasikartojančių nukleotidų sekų DNR hipometilinimo tyrimas; DNR metiltransferazės polimorfizmo reikšmės vėžio patogenezėje tyrimas.)

    9)      CUGBP2 reikšmės kasos, skrandžio vėžio patogenezėje bei šių pakitimų santykio su Cox-2 grandine tyrimai.

    10)   Uždegiminio antisekrecinio faktoriaus AF įtakos mažinant uždegiminį procesą bei sąaugų susidarymą eksperimentinio peritonito sąlygomis tyrimas. 

  • Chirurginės gastroenterologijos laboratorijos darbuotojų publikacijos

  • Kontaktai