Vidaus audito tarnyba yra nepriklausoma nuo vertinamos LSMU veiklos, Universiteto atliekamų vidaus kontrolės procedūrų ir nėra už jas atsakinga. Vidaus auditoriai, siekdami išsaugoti objektyvumą, nedalyvauja nustatant bei įgyvendinant Universiteto vidaus kontrolės (įskaitant finansų kontrolę) procedūras.

Vidaus audito tarnyba yra tiesiogiai pavaldi ir atskaitinga Universiteto rektoriui, kuris užtikrina vidaus auditorių veiklos ir organizacinį nepriklausomumą.